A Secretaria de Saúde de Guarujá tem como objetivo formular, executar e avaliar a Política de Saúde do Município, em consonância com as diretrizes gerais do Governo Municipal e a legislação vigente.

Além disso, a instituição almeja, sempre, estruturar, implantar e gerenciar o Sistema Municipal de Saúde em todos seus níveis, em consonância com as diretrizes gerais do Governo Municipal e do Sistema Único de Saúde – SUS.