A Secretaria de Saúde é o órgão da Prefeitura de Bertioga responsável por reformular e executar a política municipal de saúde e, como gestora plena do Sistema Único de Saúde (SUS) na cidade, garantir o atendimento universal da população, conforme os preceitos do SUS em coordenação ao trabalho realizado pelo Conselho Municipal de Saúde.

É a secretaria que, diante do conhecimento, características e demandas próprias da população bertioguense, organiza, planeja, controla e avalia as prioridades da saúde pública da cidade, dentro do que é previsto nas políticas públicas e serviços ofertados pelo SUS.