O Departamento Municipal de Saúde de Cananéia está instalado à Avenida Luiz Wilson Barbosa, s/n, junto ao Centro de Pronto Atendimento, e é o órgão responsável pelo gerenciamento e execução da política municipal de saúde, em especial as funções relativas aos postos de atendimento médico e odontológico, às medidas ligadas à profilaxia de doenças e às campanhas de vacinação, garantindo à população o direito e o acesso aos serviços de saúde.

O departamento é responsável pela promoção dos serviços médicos cirúrgicos e de socorro urgente à população do município e pela assistência médica e dentária aos alunos das escolas municipais, bem como da população em geral. Compete a ele, também, supervisionar e executar os serviços de fiscalização sanitária e alimentação pública, prestar assistência veterinária e epidemiológica e promover e executar campanhas de saúde pública.