O Departamento de Saúde de São João da Boa Vista é o órgão fim da Prefeitura responsável pela implementação das políticas municipais de saúde pública e atendimento da população.

O setor deve trabalha para elaborar estudos, projetos e pesquisas para a formulação da política de Saúde do Município; desenvolver campanhas e programas de saúde pública, em especial no atendimento médico primário, em articulação com as entidades estaduais e federais ligadas à área e outras atividades.