Bananal foi fundada em uma região ocupada pela etnia indígena dos Puris. O aldeamento existiu entre a Serra da Mantiqueira e florestas do Sertão do Bocaina, se estendendo até a região onde se encontra a cidade

O rio que cortava a localidade foi batizado por eles com o nome Banani, que significa 'rio sinuoso'. O nome da cidade teria surgido daí. Primeiro com a corruptela "Bananá" e, por fim, Bananal