Compete ao Departamento de Planejamento em Saúde de São Sebastião coletar, organizar e manter atualizadas informações técnicas sobre as áreas de atuação da Secretaria, coletar e sistematizar informações de programas municipais de saúde decorrentes de contratos e convênios com outros órgãos que desenvolvam políticas voltadas para a saúde da população, registrar as atividades da Secretaria para a elaboração de Prestação de contas e Relatório Anuais, receber, alimentar e processar informações de sistemas de saúde do município e enviar ao DATASUS, executar outras atribuições afins.